Fundada em 13 de maio de 1903 por negros ferroviários e para negros, tendo em vista a discriminação racial existente na cidade e a proibição aos negros de freqüentar as sociedades de brancos. Além disso, teve a intenção de celebrar a abolição da escravatura ocorrida oficialmente quinze anos antes da fundação da Sociedade. 

A Sociedade chegou a integrar um número de oitocentos associados e, na década de 1960 eles construíram, em regime de mutirão, um novo espaço, mais amplo para atender a demanda do público que  ampliava a cada dia.

Com as mudanças nas relações interétnicas  os brancos passaram a frequentar a Sociedade Cultural Ferroviária 13 de Maio, assim como os negros também passaram a poder entrar nos clubes anteriormente só para os brancos, fator que contribuiu para que os sócios fossem abandonando a Sociedade. Outro motivo foi o surgimento de diversas sociedades que apresentavam uma infra-estrutura maior e, por conseguinte mais atrativa ao público, passando a partir da década de 1980 por um processo de desestruturação e abandono.

Em 1974 foi reconhecida a utilidade Pública da Sociedade Cultural Ferroviária Treze de Maio, e em 2001 passou a integrar o Programa de Preservação e Revitalização da Mancha Ferroviária de Santa Maria, revitalizada enquanto um Museu Comunitário.

O Museu Treze de Maio surgiu em 2001 como uma estratégia para “salvaguardar” o patrimônio da Sociedade Cultural Ferroviária 13 de Maio, dando um sentido útil para a comunidade interessada e, partindo desta idéia, vislumbrar políticas públicas que dessem conta de sua preservação. Nesse sentido, o prédio que abriga o Museu foi tombado como patrimônio cultural municipal em dezembro de 2004 – Lei Nº. 4809/04 e em 21 de dezembro desse mesmo ano o Governo do Estado sancionou a Lei n° 12.183, que “declarou como bem integrante do Patrimônio Histórico e Cultural do Estado do RS, o edifício da antiga Sociedade Cultural Ferroviária 13 de Maio”.

O Museu Treze de Maio está na gênese da construção e articulações do “Movimento Clubista”, composto por aproximadamente 100 Clubes Sociais Negros de todo país e organizou em novembro de 2006, com o apoio da SEPPIR e poder público municipal, o 1º Encontro Nacional de Clubes e Sociedades Negras.